O NUPERC é o braço de pesquisa em computação da Universidade Salvador. Sua origem pode ser traçada ao antigo curso de graduação em Processamento de Dados, um dos mais antigos da instituição. Cocomitantemente com o seu credenciamento como universidade em 1997, a Universidade Salvador inicia esforços para desenvolver seus programas de pós graduação.

As primeiras articulações visando a efetivação de uma atividade mais sistemática de pesquisa e desenvolvimento na área de computação são realizadas no início de 1998. Neste período são estabelecidas a meta de atuação na área de redes de computadores que, em resumo, priorizaria suas atividades de P&D visando a implantação de um "Mestrado Profissional em Redes de Computadores" segundo os requisitos de qualidade acadêmica exigidos pela CAPES.

Em agosto de 1998 a UNIFACS decidida a contribuir com a pesquisa em redes de computadores no Brasil  dá início a um conjunto de ações que significaram, na prática, a criação das condições básicas para que o NUPERC pudesse começar a se formar. Além dos objetivos intrínsecos da contribuição da UNIFACS com a promoção do desenvolvimento científico e tecnológico universal, e em particular do País e da Bahia, a implantação do NUPERC significava a materialização do apoio e suporte técnico-científico indispensáveis ao Mestrado em Redes de Computadores. O núcleo foi montado associado em parte ao corpo docente da especialização em redes de computadores ofericido pela univesidade em associação com a UFPB (hoje UFCG).

Em 10 de dezembro de 1999 foi aprovado formalmente pelo Conselho Universitário (CONSUNI), através da sua resolução no. 14/99, "o Projeto Científico do Núcleo de Pesquisas Interdepartamental em Redes de Computadores, na forma da proposição apresentada conjuntamente pelos Departamentos de Engenharia e de Ciências Exatas."

O grupo continua sua expansão captando pesquisadores nas áreas de multimídia e engenharia de software em 2000. O Mestrado Profissionalizante em Redes de Computadores é reconhecido pela CAPES em 2001, a partir do quadro docente do NUPERC. Este é o primeiro curso de pós graduação sentido estrito na área de computação aprovado no Estado da Bahia.

Com a sua expansão, o núcleo também apóia a criação de uma especialização em Tecnologias Web que funciona de 2000 até 2004. Nesta época o NUPERC já está atuando em algumas das principais linhas de pesquisa da computação, notadamente redes de computadores, hipermídia e tecnologias web, geoprocessamento, multimídia e TV digital, engenharia de comteúdo, computação visual e engenharia de software. Em 2005 é criada uma especialização em engenharia de software e o NUPERC é renomeado "Núcleo de Pesquisa em Redes e Computação".

Neste mesmo período, os pesquisadores do núcleo reformatam o antigo Mestrado Profissionalizante em Redes através do Programa de Pós-Graduação em Sistemas e Computação da UNIFACS. Este programa ancora um Mestrado Acadêmico e outro Profissionalizante em Sistemas e Computação, ambos recomendados pela CAPES em 2005, refletindo a atuação abrangente do NUPERC na área.

Durante 2005 e 2006, em associação com a Universidade Federal da Bahia e da Universidade Estadual de Feira de Santana, os pesquisadores do núcleo discutem a criação de um doutorado multiinstitucional envolvendo pesquisadores das três instituições. Um projeto é montado alinhando as expertises existentes nas três instituições em uma iniciativa pioneira na área. No final de 2006, a CAPES reconhece o programa do Doutorado Muliinstitucional em Ciência da Computação (DMCC) UFBA-UNIFACS-UEFS. O DMCC  inicia sua primeira turma em março de 2007.